Towards Fast and Accurate Calculation of Protein pKa Values Exploiting Various Degrees of Conformational Flexibility
نویسندگان
چکیده
منابع مشابه
A buried lysine that titrates with a normal pKa: role of conformational flexibility at the protein-water interface as a determinant of pKa values.
Previously we reported that Lys, Asp, and Glu residues at positions 66 and 92 in staphylococcal nuclease (SNase) titrate with pK(a) values shifted by up to 5 pK(a) units in the direction that promotes the neutral state. In contrast, the internal Lys-38 in SNase titrates with a normal pK(a). The crystal structure of the L38K variant shows that the side chain of Lys-38 is buried. The ionizable mo...
متن کاملPrediction of accurate pKa values of some α-substituted carboxylic acids with low cost of computational methods
The acidity constants (pKa) of thirty four (34) ;-substituted carboxylic acids in aqueous solution havebeen calculated using conductor-like polarizable continuum (C-PCM) solvation model. The gasphaseenergies at the Density Functional Theory (DFT-MPW1PW91) and solvation energies atHartree Fock (HF) are combined to estimate the pKa values which are very close to the experimentalvalues where, and ...
متن کامل: the effect of sericin levels (silk glue protein) on rate of in vitro maturation, fertilization and culture of sheep oocytes
هدف از آزمایش اول بررسی اثر سطوح مختلف سریسین [0 (control), 0.1, 0.5, 1.0, 2.5 %] افزوده شده به محیط , ivm بر cumulus cell expansion، بلوغ هسته و توسعه متوالی جنین، در گوسفندان نژاد سنجابی در فصل تولید مثلی می باشد. از سرگیری میوز به وسیله خارج شدن اولین پولار بادی اندازه گیری و هم چنین درصد رسیدن جنین های دو سلولی به مرحله کلیواژ و بلاستوسیت نیز به عنوان نشانه ای از میزان شایستگی توسعه اولیه ج...
First Principles Calculation of pKa Values for 5-Substituted Uracils
Oxidation of uracil (U) and thymine (5-Me-U) are believed to play a role in genetic instability because of the changes these oxidations cause in the ionization constants (pKa values), which in turn affects the base pairing and hence coding. However, interpretation of the experimental evidence for the changes of pKa with substitution at U has been complicated by the presence of two sites (N1 and...
متن کاملa tripartite model of efl teachers attributions, burnout, and self-regulation: towards the prospects of effective teaching
همطالعه حاضر به ارائه مدلی برای آموزش موثر زبان انگلیسی می پردازد. مدل حاضر از سه عامل تاثیر گذار در کارایی تدریس معلمان زبان انگلیسی بهره می برد. این سه عامل شامل سبکهای اسنادی، خود تنطیمی و فرسودگی شغلی معلمان ایرانی زبان انگلیسی می باشد. رساله مورد نظر درچهار فاز طراحی شده است: فاز اول شامل طراحی و رواسازی پرسشنامه سبکهای اسنادی معلمان زبان انگلیسی و فاز دوم شامل استفاده از این پرسشنا...
ذخیره در منابع من
با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید
ژورنال
عنوان ژورنال: Biophysical Journal
سال: 2012
ISSN: 0006-3495
DOI: 10.1016/j.bpj.2011.11.921